전학년을 대표하는 학생자치기구인 학생회는 선거를 통해 당선되는 학생회장과 학생회 부회장을 중심으로 조직되어 있다. 학생회의 역할은 크게 나누어 네 가지로, 학생행사 주최, 학업과 복지를 향상하기 위한 활동, 학생들의 요구사항을 수렴하여 학교 측에 전달하고 관철될 수 있게 최대한 노력하며, 대외적인 기구들(전국의대생연합, 대한의사협회)의 활동 및 행사에 협력하고 있다.

학생회를 통해서 학생들의 학술 및 연구, 사회봉사, 동아리활동을 지원하고 있으며, 각 학년별로 학생자치위원회의 활동도 활발하게 이루어지고 있다. 특히 학생회에서는 신입생 오리엔테이션 및 약 40시간 동안의 골학을 진행하는 등 신입생, 재학생들이 학교생활에 원활히 적응할 수 있도록 힘쓰고 있다.